Index: link-template.php
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--- link-template.php	(revision 15473)
+++ link-template.php	(working copy)
@@ -2155,7 +2155,7 @@
 		return;
 
 	$link = get_permalink( $id );
-	echo "<link rel='canonical' href='$link' />\n";
+	echo "<link rel='canonical' href='" .apply_filters( 'rel_canonical', $link, $id ). "' />\n";
 }
 
 /**