Index: src/wp-includes/link-template.php
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--- src/wp-includes/link-template.php	(revision 37195)
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 	else
 		$url = set_url_scheme( 'http://' . $current_site->domain . $current_site->path, $scheme );
 
+	$homeurl = get_option( 'home' );
+	$siteurl = get_option( 'siteurl' );
+	if ( untrailingslashit( $homeurl ) !== untrailingslashit( $siteurl ) )
+		$url .= trailingslashit( substr( $siteurl, strlen( trailingslashit( $homeurl ) ) ) );
+
 	if ( $path && is_string( $path ) )
 		$url .= ltrim( $path, '/' );